杀菌锅常见的杀菌方式有蒸汽杀菌和水浴式杀菌，也就是常说的汽杀和水杀。还有一种杀菌方式叫喷淋式杀菌，这种杀菌方式常用于马口铁罐装和玻璃瓶装。喷淋式杀菌是水和蒸汽的混合物在锅内进行性杀菌。降温不是直冷直热，是由换热器在锅外凉水和热水混合，然后在通入锅内，冷水不直接接触锅内产品，避免了骤冷骤热造成的瓶装和罐装的炸瓶或者瘪罐。
从杀菌方式上有三种：
1、 热水循环式杀菌：杀菌时锅内食品全部被热水浸泡，这种方式热分布比较均匀。 　　
2、蒸汽式杀菌：食品装到锅里后不是先加水，而是直接进蒸汽升温，由于在杀菌过程中锅内存在空气会出现冷点，所以这种方式热分布不是最均匀。 　　
3、淋水式杀菌：这种方式是采用喷嘴或喷淋管将热水喷到食品上，杀菌过程是通过装设在杀菌锅内两侧或顶部的喷嘴中，喷射出雾状的波浪型热水至食品表面，所以不但温度均匀无死角，而且升温和冷却速度迅速，能全面、快速、稳定的对锅内产品进行杀菌，特别适合软包装食品的杀菌。
4、侧喷调理式杀菌：侧喷式杀菌锅是适用于袋或盒装类食品的二次灭菌设备，由工艺罐、热交换器、各种泵阀、连接管道及PLC 触摸屏组合的自控系统组成。锅内软水经过换热器换热或冷却后通过喷嘴不断的向被杀菌物左右推动喷射扇状，带状的波动式热水，热扩散快且热传递均匀，减小包装物受外界水质的影响而产生的不美观现象，对能源起到节能，食品杀菌工艺属于杀菌设备行业内最为先进技术之一。